Organisasi mahasiswa (Ormawa) di STIKES Pemkab Jombang terdiri dari Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), Senat Mahasiswa. Sedangkan, Ormawa di tingkat Program Studi terdapat Himpunan Mahasiswa (HIMA) program studi. Sementara itu, untuk mewadahi minat, bakat, dan pembinaan prestasi mahasiswa, terdapat Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM). BEM STIKES Pemkab Jombang adalah lembaga eksekutif tertinggi di kampus yang menjalankan roda pemerintahan mahasiswa.
Pembinaan bidang Ormawa dimaksudkan untuk menyalurkan, mengembangkan, dan mengarahkan Ormawa baik di tingkat sekolah tinggi maupun tingkat program studi. Pembinaan dilakukan melalui pembimbingan, pendampingan, dan penyediaan dana serta sarana prasarana yang diperlukan. Untuk menyediakan kantor sekretariat Ormawa dan UKM yang terpadu serta representatif, pada saat ini STIKES Pemkab Jombang bersyukur telah mempunyai Ruang Sekretariat Bersama Ormawa di Lantai 2 yang telah diresmikan pemakaiannya oleh Ketua STIKES Pemkab Jombang pada Januari 2021. Dengan demikian diharapkan koordinasi terhadap kegiatan – kegiatan Ormawa dan UKM di STIKES Pemkab Jombang akan menjadi lebih baik.
Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) adalah lembaga kemahasiswaan tempat berhimpunnya para mahasiswa yang memiliki kesamaan minat, kegemaran, kreativitas, dan orientasi aktivitas penyaluran kegiatan ekstrakulikuler di dalam kampus. UKM merupakan organisasi kemahasiswaan yang mempunyai tugas merencanakan, melaksanakan, dan mengembangkan kegiatan ekstrakulikuler kemahasiswaan yang bersifat penalaran, minat dan kegemaran, kesejahteraan, dan minat khusus sesuai dengan tugas dan tanggung jawabnya. Kedudukan lembaga ini berada pada wilayah sekolah tinggi yang secara aktif mengembangkan sistem pengelolaan organisasi secara mandiri.
